Cuando te sale el circulo amarillo casi siempre es por culpa de estos dos motivos.
1. Un firewall mal configurado.
2. Un router mal configurado.

Ten en cuenta que si a veces te sale el circulo verde no tienes ningún problema aunque en algún momento te salga el circulo en amarillo. El problema lo tienes cuando NUNCA te sale verde. De todos modos el BitTornado seguirá funcionando perfectamente, la única diferencia es que conectara con menos usuarios.

Configurar el firewall
Si has instalado un firewall desactívalo para comprobar si es el que da problemas. Si usas windows XP con Service Pack 2 o superior este contiene su propio firewall. Puedes mirar la versión de tu sistema operativo pulsando en tu teclado la tecla Windows y sin soltarla pulsa la tecla Pausa.

Si pone que usas Service Pack 2 o superior vete a Inicio → Panel de control → Centro de seguridad → Firewall de windows → Excepciones → Agregar programa → Seleccionas el BitTornado → Aceptar → Aceptar

Puede ser que te diga que ya esta en la lista de excepciones. Eso quiere decir que ya estaba bien configurado ciérralo todo y ya esta.

Configurar los puertos
En Ayuda BitTorrent dispones de un manual de como abrir los puertos al router. Los puertos TCP que tienes que abrir son los del rango que tienes puesto en el BitTornado en Prefs → Port Range ambos incluidos. Lo recomendable es poner una distancia de unos 5 puertos para no tener que abrir demasiados.