Hola,
si que se puede aunque la opción es de windows mas que del BitTorrent. Para hacerlo tienes que pulsar con el botón de Inicio con el botón derecho del ratón y luego pulsar en Abrir. Luego vas a la carpeta Programas → Inicio. Luego vas a Archivo  → Nuevo  → Acceso directo. Pulsas en examinar y buscas el ejecutable del BitTorrent. Generalmente esta en C:\archivos de programa\BitTorrent\BitTorrent.exe → Pulsas en Siguiente y luego en Finalizar. De este modo ya te arrancaría automáticamente.

Si quieres que te arranque con la ventanita minimizada al lado del reloj. En caso de que el BitTorrent lo tuvieras en C:\archivos de programa\BitTorrent\BitTorrent.exe lo deberías de cambiar por C:\archivos de programa\BitTorrent\BitTorrent.exe /MINIMIZED. Es decir solo hay que añadir la palabra /MINIMIZED al final.