Tienes que tener bien configurados los puertos si usas firewall o router y la velocidad general de subida la tienes que limitar un poco. Multiplicando la velocidad de subida que tienes contratada por 0'09. Por ejemplo si tienes contratada una línea de 1024/300 el valor que habría que poner es 27.
Si quieres conocer mejor el funcionamiento de como descarga el BitTorrent te recomiendo que leas el artículo de
Velocidad de descarga del BitTorrent.