Tienes  que ir a Preferencias - en cola -  y en "when the torrent reached the seeding goal" marcas limitar la vel. de subida a 0 kb/s, con eso le ordenas que se detenga una ves llegado al ratio meta. El otro torrent en cola se abrira automaticamente cuando termines de hacer seed, si quieres que no sea asi (es decir, si quieres que siga descargando el otro torrent en cola sin haber hecho seed con el torrent anterior) desmarca "tareas con mayor prioridad que descargas", cuando termines las descargas empezara a hacer seed. No se si me he explicado bien.

Seguramente para comenzar una descarga pulses en Forzar inicio. Tienes que aumentar el número de descargas simultaneas. Lo puedes modificar en Opciones → Preferencias → Queueing → Opciones de cola.

Espero que le des las gracias a MarXian.

Prueba en hacer las descargas sin usar el forzar inicio. Es decir, paras todas las descargas y las vuelves a iniciar pero sin usar la opción de forzar. Cuando una descarga se te pare como habías comentado antes la siguiente debería comenzar a funcionar.