que es exactamente lo que necesitas???
Si es por crear carpetas tendrás que entrar en la carpeta donde tienes instalado el bittorrent y crear: una carpeta para archivos temporales y otra para descargas. Despues en la pestaña opciones de bittorrent, en carpetas le dices a la primera que lo envie a temporal, y la otra a descargas (yo las llamé Temp y Descargas). A la de descargas le haces un acceso directo en el escritorio, y es como si tuvieras el "incoming" del emule.
Si no te queda claro avisa, e intentare aclarartelo mejor.