¿Entonces, cuántos ficheros debo subir para optimizar la velocidad en las descargas?
[...]
¿Cuántas descargas debo realizar a la vez para tener una velocidad óptima?
Depende de la cantidad de usuarios que hayan en cada archivo. Si el primer archivo ves que hay muchos usuarios, 50 o mas pues uno solo. Si hay pocos usuarios puedes poner 2 o 3 descargas en total.
¿Los que vaya a quitar, sólo los dejo inactivos o los cambio de carpeta? ¿Tengo que borrar el .torrent?
Eso es a gusto del consumidor

¿Cuáles son los que debo quitar para no molestar demasiado a los usuarios que estoy sirviendo?
Quita los que tengan un
ratio superior a 1 y hayan varias
semillas.
¿Qué es la lista de velocidades emergentes?
Es la primera vez que escucho ese termino.
Leí en un articulo que en versiones anteriores del torrent había que abrir una serie de puertos. ¿En la versión 6.0.2, hay que abrir más de uno?
Solo uno tanto en TCP como en UDP. Explicación de como hay que
abrir los puertos